在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉强又喜怒无常又不喜欢进入精灵球的皮卡丘，小智离开了家乡真新镇，在关都地区展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加宝可梦联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。
参加石英大会后，小智受大木博士委托启程前往橘子群岛，从内木博士那里取得GS球，小刚暂时留在内木博士那里。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到宝可梦观察家小建，便与他一同旅行。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。后参加了宝可梦联盟－城都联盟的白银大会
城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分开了。小智重新出发，因为想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和她弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同的是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一起奋斗
宝可梦，是这个星球上不可思议的生物。
天空中、海洋里、森林里、街道上，世界上的每个地方都能看到它们的身影。
这是一个讲述了在宝可梦战斗中以最强为目标的少年“小智”，和梦想着得到所有宝可梦的少年“小豪”的故事。
与小智的伙伴“皮卡丘”，小豪的伙伴“闪焰王牌”为首，与许许多多的宝可梦们一起，现到无限广阔的宝可梦世界的冒险开始了。
那么……
梦与冒险，朝着宝可梦的世界，Let'sgo。
